Baltupių ŠMC teikiamos visos šeimos medicinos paslaugos:
- šeimos gydytojų konsultacijos,
- sergančiųjų ambulatorinės procedūros,
- siuntimai specialistų konsultacijoms,
- vaikų imunoprofilaktika,
- vaikų ir naujagimių sveikatos priežiūra,
- prevencinės programos,
- laboratoriniai ir diagnostiniai tyrimai,
- vairuotojų ir dirbančiųjų profilaktiniai sveikatos tikrinimai,
- neįgaliųjų ir slaugos poreikius turinčiųjų sveikatos priežiūra namuose,
- sveikatos pažymų išdavimas.